Aqua es una de los tres aprendices del Maestro Eraqus, junto con sus amigos Terra y Ventus. Tras convertirse en Maestra de Llave Espada, Eraqus le encarga destruir a los Nescientes y encontrar al Maestro Xehanort, el cual misteriosamente desapareció. Mientras Aqua viajaba de mundo en mundo iba ayudando a los personajes de ellos y logrando así crear lazos afectivos. Tras llegar a Vergel Radiante Aqua se encuentra al Rey Mickey, al cual le ayuda a acabar con los Nescientes para proteger a Kairi. Allí también se encuentra con Terra y Ventus, y le dice a Terra que no debería tentar a la oscuridad, pero él se marcha.
Tras llegar a las Islas del Destino, Aqua conoce a Sora y Riku, donde le dice dice a Sora que si Riku cae en la oscuridad que él los salve. Más tarde Aqua se entera, por medio de Yen Sid, de la muerte de Eraqus, y se dirige a la Necrópolis de las Llaves Espada, donde se encuentra con sus amigos. Ahí se enfrenta con el Maestro Xehanort y Vanitas. Tras una sorpresiva pelea contra Braig se enfrenta con un Ventus poseído por Vanitas. Tras ello Aqua queda inconsciente, pero Mickey llega a tiempo para ayudarla a ella y a Ven, llevándolos a la torre de Yen Sid. Ahí Yen Sid le dice que Ven no despertará muy pronto, por lo que ella decide volver a Tierra de Partida y usar la Llave Espada de Eraqus para convertir el mundo en el Castillo del Olvido para así dejar a Ven en un lugar seguro, la Cámara del Despertar. Tras salir del Castillo Aqua encuentra a Terra poseído por el Maestro Xehanort en Vergel Radiante.
Xehanort no recuerda nada después de la batalla. Tras una batalla con él, Aqua se sacrifica para evitar que Terra caiga en el Reino de la Oscuridad, dejando como resultado la aparición de un Xehanort sin recuerdos junto a la armadura y Llave Espada de Aqua en Vergel Radiante, y la llegada de Aqua al Reino de la Oscuridad. Tras once años de vagar por el Reino de la Oscuridad, Aqua llega a la Playa Oscura, donde se encuentra con un Ansem el Sabio sin recuerdos. Juntos tienen una charla de lo sucedido mientras ven el Mar de la Oscuridad. Durante la conversación Ansem le cuenta que los mundos han estado a punto de caer varias veces en la oscuridad, aunque siempre apareció un joven con su llave espada para salvarlos, el ser que puede conectar su corazón con el de quien sea: Sora. Tras esto Aqua repite el nombre del niño que conoció en Islas del Destino, y derrama una lágrima.
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